เขาศึกษาวิศวกรรมศาสตร์ที่ Owens College และได้รับทุนไปเรียนต่อที่ Cambridge University ในปี 1884 เขาได้สืบทอดตำแหน่ง Cavendish Professor of Physics และ director of the Cavendish Laboratory ของ Lord Rayleigh เขาเป็นครูและผู้ให้คำปรึกษาที่ยอดเยี่ยม เขาเป็นผู้สอนนักวิทยาศาสตร์ซึ่งต่อมาได้รับรางวัลโนเบลถึง 7 คน ทอมสันได้รับ Nobel Prize สาขาฟิสิกส์ในปี 1906 จากการศึกษาสมบัติของอิเล็กตรอน และได้รับพระราชทานยศเป็น Sir J.J. Thompson ในปี1908